Oddzielnie działała Organizacja Harcerek nosząca kryptonimy:
* "Związek Koniczyn" (1940–1943)
* "Bądź Gotów" (1943–1945)
Organizacje te były zorganizowane w Pogotowie Harcerek. W czasie okupacji Komendantka Pogotowia Harcerek dr hm. Józefina Łapińska kierowała całością spraw pogotowia i kontaktów z terenem. Naczelniczka Harcerek przekazała jej prawie wszystkie swoje obowiązki, pozostawiając sobie kontakt z konspiracyjnym Naczelnictwem ZHP oraz organizacjami politycznymi i społecznymi.
W skład komendy Pogotowia Harcerek wchodziły oprócz komendantki: skarbniczka, kierowniczki służb sanitarnej i łączności, kierowniczka kształcenia starszyzny oraz kierowniczka pracy ogniw (tj. zespołów młodzieży nieharcerskiej).
Podstawową formą kontaktu komendy z jej terenem były odprawy komendantek Pogotowia Harcerek chorągwi zwoływane dwa razy w roku, a łączność z terenem utrzymywano przez kurierki. Organizacja Harcerek związana była przez cały czas okupacji z Delegaturą Rządu i Komendą AK oraz z jawnie działającymi organizacjami społecznymi, jak: PCK, Rada Główna Opiekuńcza.
Do 1942 Pogotowie Harcerek prowadziło równolegle z przygotowaniem do pomocniczej służby wojskowej – pracę wychowawczą, zachowując wyraźną odrębność organizacyjną. W 1942 w AK powołano Referat Wojskowej Służby Kobiet, który kierował konspiracyjną działalnością kobiet przez swoje odpowiedniki terenowe. Pogotowie Harcerek od tego momentu współpracowało z władzami wojskowymi, kierując do WSK przeszkolone zespoły sanitarne oraz łączności i tracąc w pewnym stopniu wpływ wychowawczy na te zespoły. Na przełomie 1942 i 1943, gdy kierownictwo pracy dla wojska przeszło w ręce WSK, Pogotowie Harcerek prowadziło dalej szkolenie sanitarne i łączności dziewcząt młodszych, kontynuowało też pracę wychowawczą opartą na harcerskim programie, prowadzono kształcenie instruktorek.
Komenda Pogotowia Harcerek, chcąc wpływem wychowawczym objąć nie tylko harcerki, ale i młodzież niezorganizowaną, wydała w okresie od marca 1941 do lipca 1944 drukowane pismo "Dziś i Jutro". Pod koniec 1945 r. z myślą o przyszłości komenda PH powołała trzy rady programowe, których zadaniem było opracowanie planu działania Organizacji Harcerek po zakończeniu wojny. Kilka chorągwi prowadziło pracę mającą na celu przygotowanie do działania na tzw. Ziemiach Powracających: na Warmii, Mazurach oraz na Śląsku Opolskim.
Reasumując, Pogotowie Harcerek pracowało w trzech podstawowych dziedzinach:
* pomocnicze służby wojskowe: sanitarna, łączności, gospodarcza,
* służby cywilne: pomoc dzieciom,
* praca w dziedzinie tajnej oświaty i kultury narodowej.
