Organizacja Harcerzy opierała się na strukturze przedwojennego ZHP; chorągwie (ule), hufce (roje), drużyny (rodziny) i zastępy (pszczoły). Na czele Organizacji Harcerzy stał Naczelnik z Główną Kwaterą – Pasieką.
Naczelnicy:
* hm Stanisław Broniewski (12 V 1943 r. – 3 X 1944)
* hm Leon Marszałek (3 X 1944 r. – 18 I 1945)
Szefowie Pasieki:
* Eugeniusz Stasiecki (I 1943 r. – VI 1944)
* Edward Zürn (VI-VIII 1944 r.)
* Kazimierz Grenda (VIII 1944 r. – I 1945).
"Wizytator jest przedstawicielem Głównej Kwatery Harcerzy i posiada prawo decyzji o charakterze rozkazodawczym. W razie potrzeby może zawiesić w czynnościach komendanta i instruktorów chorągwi, o czym donosi niezwłocznie Szefowi GKH."
Organizacja Harcerzy obejmowała ze względów konspiracyjnych początkowo jedynie młodzież powyżej 17 lat. Z czasem w wyniku naporu młodych i konieczności zajęcia się nimi, rozpiętość wieku zwiększono. Z punktu wadzenia programowego i metodycznego podzielono wówczas młodzież na trzy grupy: "Zawisza, Bojowe Szkoły (BS) i Grupy Szturmowe (GS).
Członków organizacji obowiązywało przedwojenne Prawo i Przyrzeczenie Harcerskie. Przyrzeczenie uzupełniano dodatkową rotą konspiracyjną: "Ślubuję na Twoje ręce pełnić służbę w Szarych Szeregach, tajemnic organizacyjnych dochować, do rozkazów służbowych się stosować, nie cofnąć się przed ofiarą życia."
Podstawową zasadą, programu było wychowanie przez walkę. Program został sprecyzowany w koncepcji: "Dziś – jutro – pojutrze".
"Dziś" obejmowało działania bieżącej walki w okresie okupacji, "jutro" – przygotowanie się do przełomu (okres powstań) i sam przełom, "pojutrze" – przygotowanie się do okresu odbudowy po wyzwoleniu kraju.