Przez cały okres swej działalności Szare Szeregi współpracowały z Delegaturą Rządu Rzeczypospolitej Polskiej na Kraj oraz Komendą Główną AK.
Rozkaz Komendanta Głównego AK Nr 129 z 16 marca 1942 r. ustalił, że: "... członkowie Szarych Szeregów, którzy wejdą do zespołów konspiracyjnych, będą uważani bez względu na wiek za żołnierzy."
Zdanie to było dowodem wielkiego uznania i zaufania Komendanta Głównego AK dla Szarych Szeregów oraz dowodem wielkiego rozumu tegoż Komendanta – odszedł on od przyjętych, a nieistotnych form i zrównał we wszystkich prawach członków organizacji społecznej, jaką stanowiły Szare Szeregi, z członkami regularnych sił zbrojnych. Takiego znaczenia harcerstwo polskie nie uzyskało nigdy dotąd w państwie polskim.
W dwa lata później 20 marca 1944 r. ukazał się rozkaz L. 495 I, który mówił:
"Szare Szeregi jako organizacja młodzieżowa, a nie wojskowa nie podlegają jako całość scaleniu w Siłach Zbrojnych w Kraju. Zasadniczym ich zadaniem w chwili obecnej jest praca wychowawcza wśród członków tej organizacji w celu przygotowania ich do zadań czekających ich w walce i w służbie w wyzwolonej Ojczyźnie. By Szare Szeregi pracy tej w pełni podołać mogły, pozostawiłem im pełny samorząd organizacyjny."
Szare Szeregi zostały więc określone jako organizacja współdziałająca z AK, ale nie podporządkowana Armii. Był to w czasie wojny jedyny taki przypadek. Szare Szeregi zachowały swą pełną suwerenność. Szare Szeregi dzieliły się na dwie Organizacje: Organizację Harcerzy i Organizację Harcerek.
