Pogotowie Harcerzy było znacznie gorzej przygotowane. Zorganizowano je w ostatniej chwili. Na czele stali: Aleksander Kamiński, Juliusz i Stanisław Dąbrowscy, Witold Sawicki, Florian Marciniak.
Wzorowo zorganizowano Pogotowie Harcerzy w Poznaniu. Pogotowie to solidnie wypełniało swoje obowiązki, zwłaszcza w chwili gdy władze państwowe i wojsko opuściły miasto. Wycofujące się pod naporem wkraczających wojsk niemieckich grupki instruktorów i starszych harcerzy z Wielkopolskiej Chorągwi przybyły do Warszawy uzupełniając kadry harcerstwa stolicy, przerzedzone po ewakuacji mężczyzn w dniu 6 września. Wraz z pozostałymi w Warszawie i ściągającymi z innych stron harcerzami tworzą Pogotowie Harcerzy, którego Komendantem zostaje Florian Marciniak, młody (24 lata) instruktor wielkopolski.