Już w końcu 1913 roku zarysował się rozłam wśród instruktorów, spowodowany różnicą poglądów pomiędzy grupą reprezentującą idee zachowawcze "Sokoła", a zwolennikami haseł zarzewiackich, charakteryzujących się propagowaniem walki zbrojnej z zaborcami.
Wynikiem tego konfliktu było utworzenie w Warszawie Naczelnej Komendy Skautowej, która zapewniając sobie jednak pewną autonomię, zgodziła się działać w oparciu o dyrektywy ze Lwowa. Dopiero wybuch I wojny światowej uwidocznił różnice polityczne i spowodował zasadniczy zwrot w kierunku rozwoju prac harcerskich. Ośrodek ich przeniósł się z Galicji do Królestwa.
Na osłabienie ruchu harcerskiego w Galicji wpłynęło odejście starszyzny harcerskiej do Legionów, co spotkało się z niezadowoleniem endeckiego Naczelnictwa Skautowego, którego postawa z kolei zniechęciła młodzież. W przeciwieństwie do Galicji, w Królestwie, w Poznańskiem i Rosji harcerstwo w tym okresie charakteryzuje ogromny postęp, o czym zadecydował czynny jego udział w aktualnych wydarzeniach, aktywna postawa jaką organizacja zajęła wobec wypadków politycznych. Jednocześnie ówczesne harcerstwo stanowiło wewnętrznie zawiły splot rozmaitych grup i organizacji, na przemian to dzielących się, to łączących, co wynikało z walki między zwolennikami Piłsudskiego a endekami.
W wyniku tych kontrowersji nastąpiło rozbicie Naczelnej Komendy Skautowej, w związku z czym w 1915 powstał w Warszawie Wydział Rad Drużynowych Naczelnej Komendy Skautowej, który reprezentował kierunek piłsudczykowski, oraz - nieco wcześniej - Związek Skautek Polskich, całkowicie podporządkowany POW, zaś w Piotrkowie utworzyła się Polska Organizacja Skautowa, pomyślana jako ekspozytura POW. Pod koniec 1915 rozpoczęła sięganie po drużyny warszawskie, co udało się jednak tylko częściowo. Młodzież miejska i robotnicza skupiała się w organizacji "Junactwo", która działała głównie na Lubelszczyźnie.
Tak więc, w 1916 na terenach polskich działały następujące organizacje harcerskie: w Królestwie - Naczelna Komenda Skautowa w Piotrkowie, Związek Skautek Polskich w Łodzi, "Junactwo" na Lubelszczyźnie; w Galicji - Związkowe Naczelnictwo Skautowe; w Wielkopolsce - dwie organizacje skautowe, których nazw nie udało się ustalić; na terenie Rosji i Ukrainy - Naczelnictwo Harcerskie w Kijowie.
